复旦大学生殖与发育研究院的主要研究方向包括：1、生殖与发育相关基础研究；2、发育源性疾病（包括代谢性疾病、心血管疾病、神经精神性疾病和免疫性疾病等）分子机制研究；3、遗传性出生缺陷的机制及临床转化；4、儿童发育与个体健康。